Matovičov odborník radí do Dunaja hodiť i presné PCR-testy

7.nov. BerlinerZeitung: Zdravotnícky výbor Berlínskeho Senátu potvrdil, že PCR-testy v skutočnosti nie sú schopné určiť infekciu v zmysle definícií nemeckého zákona o ochrane pred infekciami. Vyplýva to z odpovede na otázku poslanca Marcela Lutheho. Ide tu o právnu definíciu pojmu „patogén“. V odpovedi senátu sa uvádza, že podľa nemeckého zákona musí ísť o „pôvodcu ochorenia schopného reprodukcie (vírus, baktéria, huba, parazit) alebo akéhokoľvek iného biologicky prenosného pôvodcu, ktorý môže spôsobiť infekciu alebo prenosné ochorenie u ľudí“, aby sa v tejto súvislosti dalo hovoriť o „patogéne“. Na otázku poslanca, či „tzv. PCR-test dokáže rozlišovať medzi vírusom schopným reprodukcie a vírusom, ktorý nie je schopný reprodukcie“, odpovedala administratíva Berlínskeho senátu „NIE“. Na zdôvodnenie, prečo Senát napriek svojim úvahám a opatreniam na ochranu pred infekciou vychádzal z výsledkov PCR-testu, Senát odpovedal: „Pretože pomocou PCR-testu sa zisťuje prítomnosť vírusov SARS-CoV-2. Prítomnosť vírusu v organizme koreluje s prenosom infekcie zapríčinenej týmto vírusom. Táto infekcia je hodná ochrany v zmysle zákona ochrany pred infekciami.“ Preto vraj mohlo byť na základe testov posúdené, v ktorých prípadoch by sa „infekcia“ koroanvírusu SARS-CoV-2 mohla šíriť.
Marcela Lutheho tieto odpovede nepresvedčili: „Je najvyšší čas začať konať racionálne a v súlade s princípmi právneho štátu. Ak dokonca už aj Senát musel pripustiť, že denne hlásené počty testov nehovoria nič o šíriacej sa infekcii v zmysle nemeckých zákonov, potom aj vyhláškam chýba právny základ… PCR-testy nás stoja obrovské finančné prostriedky, pre výrobcov ide o miliardový biznis, sú však nepoužiteľné na náš boj proti infekcii koronavírusu.“
PCR-testy sú vedecky kontroverzné kvôli ich vysokej citlivosti…

• Faktická poznámka: Ak bol náhodne vybraný človek na PCR-teste označený za pozitívneho (t.j. mal nájdené ľubovoľné, hoci malé množstvo RNA vírusu v nosohltane), pravdepodobnosť, že nemá ešte v tele dosť protilátok (t.j. nájdené RNA v nosohltane pochádza z vírusu schopného reprodukcie) a teda pravdepodobnosť, že by takýto náhodne testovaný pozitívny mohol byť nebezpečným pre svoje okolie je do 30% (viď vyšrafovaná časť časového intervalu pozitivity PCR-testu)… ak by boli na PCR-testy ľudia posielaný náhodným spôsobom, čo sa na Slovensku našťastie nedeje. Takže ak si u nás RÚVZ robia svoju robotu dobre a posielajú na PCR-testovanie ľudí v správnej epidemiologickej súvislosti, potom bude to percento infekčných z pacientov zo všetkých pozitívnych PCR-testov oveľa vyššie. Preto je veľmi dôležité, aby sa epidemiológ/hygienik pri rozhovore s nakazeným snažil určiť čas/udalosť, keď sa pacient nakazil. Príp. aby aspoň vedeli spoločne určiť ten deň, kedy sa u pacienta vyskytli prvé príznaky. To sa však v drvivej väčšine prípadov nakazených nepodarí, pri aktuálne vysokom výskyte bezpríznakových prípadov…
• Pozn. na okraj: Slovenská legislatíva (na rozdiel od tej nemeckej) pri určovaní komu nariadiť izoláciu umožňuje štátnym hygienikom aj použitie výsledkov PCR-testov, avšak odborník premiérovi Matovičovi už nejaký ten piatok radil používať v zvýšenej miere iný typ testov. Dôvody sú stručne načrtnuté v ďalšom článku, publikovanom v N.Y.Times…
• Zákon č. 355/2007 o ochrane, podpore a rozvoji verejného zdravia…
  §48 OHROZENIA VEREJNÉHO ZDRAVIA
  (1) Ohrozenie verejného zdravia nastáva pri
  a) výskyte prenosného ochorenia, podozrení na prenosné ochorenie alebo podozrení na úmrtie na prenosné ochorenie nad predpokladanú úroveň…
  (4) ÚVZ alebo regionálny RÚVZ pri ohrození verejného zdravia nariaďuje opatrenia, ktorými sú:
  c) zákaz alebo obmedzenie styku časti obyvateľstva s ostatným obyvateľstvom pri hromadnom výskyte závažného ochorenia,
  d) zákaz alebo obmedzenie hromadných podujatí,
  e) zákaz alebo obmedzenie prevádzky zariadení, v ktorých dochádza k zhromažďovaniu osôb,
  g) zákaz používania potravín, pokrmov alebo nápojov v zariadeniach spoločného stravovania,
  j) mimoriadny režim prevádzkovania kolektívnych zariadení,
  n) nútená izolácia osoby chorej na prenosné ochorenie alebo osoby podozrivej z prenosného ochorenia alebo karanténa osoby podozrivej z nákazy, ktorá odmieta nariadené opatrenie podľa

29.aug. TheNewYorkTimes:
Máte PCR-test pozitívny? No možno by ste mať nemali…
Zvyčajné diagnostické testy môžu byť jednoducho príliš citlivé a zároveň príliš pomalé na to, aby zabránili šíreniu vírusu.
Niektorí z popredných odborníkov na verejné zdravie v krajine vyjadrujú vážne znepokojenie nad nekonečnou debatou o PCR-testovaní v USA: Štandardné PCR-testy diagnostikujú obrovské množstvo ľudí, ktorí môžu byť nositeľmi relatívne nevýznamného množstva vírusu. Väčšina z týchto ľudí pravdepodobne nebude nákazlivá a ich identifikácia ako pozitívnych prispieva k upchávaniu systému (stopovania kontaktov, tzv. contact tracing), ktoré bráni včasnému nájdeniu tých, ktorí naopak nákazlivými naozaj sú. Vedci však tvrdia, že riešením nie je testovať menej alebo zrušiť testovanie ľudí bez príznakov, ako to nedávno navrhlo americké centrum pre kontrolu a prevenciu chorôb (CDC). Namiesto toho najnovšie vedecké poznatky a dáta podčiarkujú potrebu rozsiahlejšieho využívania rýchlych antigénových testov, aj keď sú menej citlivé.

„Rozhodnutie CDC netestovať asymptomatických ľudí je skutočne spiatočnícke,“ uviedol Dr.Michael Mina, profesor epidemiológie z Harvard T.H.Chan School of Public Health: „V skutočnosti by sme mali zintenzívniť testovanie najrôznejších skupín ľudí, ale musíme to robiť pomocou úplne iných mechanizmov.“ Biely dom vo štvrtok oznámil, že zakúpil 150 miliónov rýchlych antigénových testov.

Dodnes najrozšírenejší diagnostický test na nový koronavírus, ktorý sa nazýva PCR-test, poskytuje jednoduchú odpoveď „áno-nie“ na otázku, či je pacient infikovaný. Avšak podobné testy na iné vírusy, založené na PCR-metóde, ponúkajú v istom zmysle aj odpoveď na otázku o nákazlivosti infikovaného pacienta: Výsledky môžu obsahovať hrubý odhad množstva vírusu v tele pacienta.
Dr.Michael Mina: „Ako výsledok testu sme doteraz na všetko používali iba jeden typ údajov, a to je +/- poitívny/negatívny. Používame to pri klinickej diagnostike, pri rozhodnutiach v oblasti verejného zdravia, na prijímanie politických rozhodnutí… Ale výsledok testu typu ÁNO/NIE nie je dosť dobrá. Ide tu o množstvo vírusu, to by malo určovať ďalšie kroky infikovaného pacienta. Myslím si, že je dnes skutočne nezodpovedné vzdávať potreby kvantitatívnej diagnostiky.“

PCR-test amplifikuje (zdvojnásobuje) genetický materiál RNA vírusu v cykloch, pokým ho nebude vo vzorke dosť a kontrolný mechanizmus si ho „všimne“. A teda čím menej cyklov je potrebných, tým väčšie bolo množstvo vírusu alebo vírusovej záťaže vo vzorke na začiatku procesu amplifikácie. Čím väčšie bolo množstvo vírusu v metodicky správne odobratej vzorke, tým vyššia bola vírusová nálož v nosohltane pacienta. A čím vyššia je vírusová nálož u pacienta, tým väčšia je pravdepodobnosť, že pacient je nákazlivý. Tento počet amplifikačných cyklov potrebných na nájdenie vírusu, ktorý sa nazýva CT hodnota (cycle threshold), nie je nikdy zahrnutý do výsledkov zasielaných lekárom a pacientom, hoci by im mohol napovedať, ako veľmi sú pacienti infekční.

V časopise The Times zistili, že v 3 súboroch dát pozbieraných z PCR-testovaní, zahŕňajúcich aj CT hodnoty, zostavených úradníkmi v Massachusetts, New Yorku a Nevade, až 90% ľudí s pozitívnym testom nenieslo takmer žiadne množstvo vírusu, títo by sa možno ani nemuseli izolovať…

Dr.Michael Mina: „Jedným z riešení by bolo upraviť hraničnú CT hodnotu, ktorá sa v súčasnosti používa na rozhodnutie, že je pacient infikovaný. Väčšina aktuálne vykonávaných testov v USA má hraničnú CT hodnotu stanovenú na úrovni 40 cyklov, niektoré na 37. To znamená, že máte pozitívny nález na koronavírus aj v prípade, ak testovací proces vyžadoval na zistenie vírusu až 40 cyklov, resp 37. Testy s tak vysokými prahovými hodnotami môžu zistiť nielen živý vírus, ale aj genetické fragmenty, zvyšky infekcie, ktoré už nepredstavujú žiadne infekčné riziko – podobne ako keď detektív nájde vlas na mieste činu dávno po úteku páchateľa.“

„Akýkoľvek test s prahovou hodnotou cyklu nad 35 je príliš citlivý,“ súhlasila Juliet Morrison, virologička z University o California v Riverside: „Som v šoku z toho, že niektorí veria, že CT hodnota 40 môže predstavovať pozitívny výsledok testu.“

Dr.Michael Mina: „Oveľa rozumnejšia hranica pozitivity by bola pri CT hodnotách 30 až 35, príp. ešte menej. Ak by sa hranica pozitivity zmenila zo 40 na 30, znamenalo by to, že množstvo vírusovej RNA vo vzorke pacienta by muselo byť 1000-násobne väčšie oproti súčasnému štandardu, aby test vykázal pozitívny výsledok – resp. taký pozitívny výsledok, ktorým by sa úrady mali vôbec ďalej zaoberať.“

Americký úrad pre kontrolu liečiv (FDA) uviedol, že nešpecifikuje rozsahy CT hodnôt, ktoré sa používajú na zistenie, kto je pozitívny, a že „komerční výrobcovia a laboratóriá si stanovujú svoje vlastné“. CDC zverejnilo vlastné výpočty, z ktorých vyplýva, že je mimoriadne ťažké zistiť akýkoľvek živý vírus vo vzorke z PCR-testu s CT hodnotou nad 33 cyklov. Úradníci v niektorých štátnych laboratóriách uviedli, že CDC ich nikdy nežiadalo o zaznamenívanie CT hodnôt ani o ich zdieľanie s organizáciami, ktoré majú na starosti stopovanie kontaktov (tzv. contact tracing). Podľa niektorých odborníkov práve toto predstavuje nesmierne premárnenú príležitosť dozvedieť sa viac o tejto chorobe.

„Ide mi z toho hlava prasknúť, prečo laboratória neposkytujú k výsledkom testov CT hodnoty pri všetkých vykonaných testoch? Prečo vracajú iba pozitív/negatív?“ uviedla Angela Rasmussen, virologička z Columbia University v New Yorku. „Bolo by predsa veľmi užitočné vedieť, ak je niekto pozitívny, že či má vysokú a či nízku vírusovú nálož,“ dodala.

Úradníci zo štátneho laboratória Wadsworth Center v ​​New Yorku majú prístup k CT hodnotám z PCR-testov, ktoré sa u nich vykonali, a analyzovali ich počty na žiadosť The Times. V júli laboratórium identifikovalo 872 pozitívnych testov na základe prahu 40 cyklov. S hraničnou hodnotou 35 by už iba asi 57% z týchto testov klasifikovali ako pozitívne. A približne len 37% by bolo považovaných za pozitívnych, keby boli bývali v laboratóriu obmedzili počet cyklov amplifikácie na max. 30, tak ako to navrhuje Dr.Michael Mina.

Dr.Michael Mina: „V Massachusetts by sa za negatívnych považovalo okolo 85% zo všetkých pacientov, ktorí mali v júli pozitívne PCR-testy pri nastavenej hraničnej CT hodnote 40 cyklov. Povedal by som, že u žiadneho z týchto ľudí by sme nemali ďalej stopovať ich kontakty (tzv. contact tracing), ani u jedného.“

Riaditeľ Harvard Global Health Institute Dr.Ashish Jha: „Som naozaj šokovaný, že podiel ľudí s výsledkami s vysokou CT hodnotou môže byť až takýto vysoký. Chlape, veď to úplne mení spôsob, akým premýšľame o testovaní. PCR-testy som už predtým považoval za problém, pretože sa ich vykonané množstvo nedokáže prispôsobovať aktuálne potrebnému objemu, frekvencii ani potrebnej rýchlosti vyhodnotenia testov. Ale teraz si už uvedomujem, že skutočne podstatnou časťou problému je, že navyše ani netestujeme ľudí, ktorých testovať máme.“

Výkonný riaditeľ Asociácie laboratórií verejného zdravia Scott Becker: „Obzvlášť znepokojujúci je počet ľudí s pozitívnymi výsledkami, ktorí nie sú infekční. Máme v úmysle stretnúť sa s Dr.Michaelom Minom a diskutovať s ním o tomto probléme.“

Pri TPR (test positive rate) 20% a viac v niektorých častiach USA Dr.Michael Mina a ďalší vedci spochybňujú použitie PCR-testov ako frontového diagnostického nástroja.
Dr.Michael Mina: „Ľudia infikovaní vírusom sú najinfekčnejší 1-2 dni predtým, ako sa príznaky objavia a asi do 5 dní po objavení 1.príznakov. Ale pri súčasných možnostiach PCR-testovania to nebudete robiť dosť často na to, aby ste mali šancu skutočne aj niekoho v tom okne zachytiť.“

Vysoko citlivé PCR-testy sa javili ako najlepšia možnosť stopovania šírenia koronavírusu v začiatkoch pandémie (tzv. contact tracing). Ale vzhľadom na príliš veľké množstvo vyskakujúcich ohnísk, sú podľa Dr.Michaela Minu dnes už potrebné iné testy na koronavírus. Také, ktoré sú rýchle, lacné a dostatočne početné na to, aby sa často mohol testovať ktokoľvek, kto to potrebuje – a to aj za cenu nižšej citlivosti testov.
„Možno to nezachytí každého jedného nositeľa koronavírusu zo všetkých otestovaných ľudí, ale určite to zachytí aj tých najinfekčnejších ľudí, vrátane množstva superšíriteľov vírusu,“ povedal Dr.Michael Mina a dodal: „Už len toto samo o sebe by postačilo, aby sa časom epidémia potlačila prakticky na nulu.“

• Faktická poznámka na záver:
  V sobotu 31.okt. bolo na Slovensku za 15 hodín vykonaných a vyhodnotených 2,5 milióna antigénových testov. Podobný počet PCR-testov by všetky slovenské laboratória, súkromné i štátne spoločne, pri naplnení svojich maximálnych kapacít (22-tisíc testov denne v 3-smennej prevádzke)  vyhodnocovali presne 4 mesiace a stálo by to 10-krát viac peňazí.

. . .